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汉堡大学克里斯蒂安·贝茨尔(Christian Betzel)教授和DESY阿尔克·铭茨(Alke Meents)博士领导的研究团队对卡拉奇天然化合物库(Karachi Library of Natural Compounds)进行了全面筛选。

“我们测试了化合物库中的500种物质,看它们是否与新冠病毒的木瓜样蛋白酶结合,这是抗病毒药物研发的主要目标之一。”该研究的主要作者,来自汉堡大学Vasundara Srinivasan博士解释道,”一种在正确位置与酶结合的药物可以阻断新冠病毒的复制功能。”

木瓜蛋白酶(以下简称PLpro酶)是病毒复制中的一种核心酶。当冠状病毒试图侵占一个细胞时,它会迫使这个细胞为新的病毒分子生产构建一种以长链形式生产的蛋白质。然后,PLpro酶就像分子剪刀一样,将这一链条剪成单独的片段。如果这一过程能够被阻断,那么就不会再次产生新的病毒分子。

实验过程中,研究人员将PLpro酶与500种天然化合物中的每一种物质进行混合。虽然混合物中生长了出微小的晶体,然而在传统的显微镜下,人们仍无法确定化合物是否已与酶结合。在DESY的PETRA III粒子加速器的自由电子X射线照射下,这些晶体产生了一个极具特色的衍射图案,从中人们可以重建酶的结构至单个原子的水平。Meents博士解释说:“从这些信息中我们可以创建原子分辨率级别的酶的三维模型,并看到这些天然化合物是否和该酶结合以及在哪里结合。

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